В 1982–2000 годах Южный речной порт пережил значительные изменения: от экономического подъема в 1980-х до приватизации в 1992 году. В этот период порт участвовал в масштабных проектах, включая осушение болот для застройки Москвы (Марьина Роща, Нагатинский 14-й квартал), добычу и отсыпку песка, а также очистку озера Бельского. В 1992 году активы порта оценили в 450 млн рублей (примерно 2 мешка картошки на акцию), и они были распределены среди работников. Несмотря на кризис 1990-х, порт сохранил ключевые функции, включая перевалку грузов и строительство ангаров для частной торговли. К концу 1990-х объемы работ достигли 8 млн тонн в год, что сравнялось с показателями 1980-х.
