Родители Бориса Гребенщикова — Борис Александрович и Людмила Харитоновна.
Отец: Борис Александрович Гребенщиков
Борис Александрович Гребенщиков (1926–1975) по профессии был инженером. Впоследствии он дослужился до должности директора опытного завода Балтийского пароходства.
Мать: Людмила Харитоновна Гребенщикова (в девичестве Губкина)
Людмила Харитоновна Гребенщикова (1929–2009) окончила юридический факультет Ленинградского университета. В разные годы она работала художником в Ленинградском доме моделей, а затем социологом в Научно-исследовательском институте комплексных социальных исследований при ЛГУ.
Людмила Харитоновна пережила блокаду Ленинграда вместе с матерью, потеряв в те годы отца и деда. Борис Гребенщиков неоднократно подчёркивал, что именно мать приобщила его к культуре, стараясь доставать для сына всё самое интересное и недоступное.