В соответствии с сюжетом игры, «Оперативник» — боец F.E.A.R., вымышленного подразделения спецназа — вынужден противостоять мятежному отряду клонированных суперсолдат. Он также сталкивается со сверхъестественной угрозой — Альмой, призрачным существом в облике маленькой девочки.